Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMD1Q9UGP4 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC21.32■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC21.32■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC21.32■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC21.31■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC21.31■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC21.3■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMD1Q9UGP4 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.4 ms