Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC3

Trim41, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM41, mousemouse

Predictions only

Length 630 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim41Q5NCC3 Vegfb-202ENSMUST00000130048 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43,26■■■■■ 4,52
Trim41Q5NCC3 Glrx2-205ENSMUST00000145571 758 ntTSL 2 BASIC43,26■■■■■ 4,52
Trim41Q5NCC3 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC43,24■■■■■ 4,51
Trim41Q5NCC3 Rbms1-202ENSMUST00000112509 1806 ntTSL 1 (best) BASIC43,24■■■■■ 4,51
Trim41Q5NCC3 Mfsd5-201ENSMUST00000051341 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43,22■■■■■ 4,51
Trim41Q5NCC3 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43,22■■■■■ 4,51
Trim41Q5NCC3 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43,22■■■■■ 4,51
Trim41Q5NCC3 Phlda3-201ENSMUST00000038945 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43,22■■■■■ 4,51
Trim41Q5NCC3 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC43,19■■■■■ 4,51
Trim41Q5NCC3 Pcgf5-201ENSMUST00000062389 1566 ntTSL 5 BASIC43,19■■■■■ 4,5
Trim41Q5NCC3 Msi2-202ENSMUST00000107908 695 ntTSL 5 BASIC43,18■■■■■ 4,5
Trim41Q5NCC3 Smagp-202ENSMUST00000172334 952 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC43,17■■■■■ 4,5
Trim41Q5NCC3 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC43,15■■■■■ 4,5
Trim41Q5NCC3 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC43,15■■■■■ 4,5
Trim41Q5NCC3 Gm45580-201ENSMUST00000210430 889 ntTSL 5 BASIC43,15■■■■■ 4,5
Trim41Q5NCC3 Gpr137c-205ENSMUST00000227009 771 ntAPPRIS ALT2 BASIC43,15■■■■■ 4,5
Trim41Q5NCC3 Smad7-202ENSMUST00000168918 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43,15■■■■■ 4,5
Trim41Q5NCC3 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43,13■■■■■ 4,5
Trim41Q5NCC3 Ccdc50-202ENSMUST00000096127 1096 ntTSL 1 (best) BASIC43,1■■■■■ 4,49
Trim41Q5NCC3 Gm45716-202ENSMUST00000134929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43,09■■■■■ 4,49
Trim41Q5NCC3 C1ql1-201ENSMUST00000057849 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43,08■■■■■ 4,49
Trim41Q5NCC3 Cyp26a1-201ENSMUST00000025946 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43,08■■■■■ 4,49
Trim41Q5NCC3 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC43,07■■■■■ 4,49
Trim41Q5NCC3 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC43,05■■■■■ 4,48
Trim41Q5NCC3 Ywhah-201ENSMUST00000019109 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43,03■■■■■ 4,48
Trim41Q5NCC3 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC43,01■■■■■ 4,48
Trim41Q5NCC3 Ybx2-205ENSMUST00000149194 1235 ntTSL 5 BASIC43,01■■■■■ 4,48
Trim41Q5NCC3 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC43■■■■■ 4,47
Trim41Q5NCC3 Gm6345-201ENSMUST00000180378 1691 ntBASIC43■■■■■ 4,47
Trim41Q5NCC3 Mtch1-201ENSMUST00000095427 1922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42,99■■■■■ 4,47
Trim41Q5NCC3 Guf1-201ENSMUST00000031113 1769 ntTSL 1 (best) BASIC42,98■■■■■ 4,47
Trim41Q5NCC3 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC42,97■■■■■ 4,47
Trim41Q5NCC3 Serpinb6a-201ENSMUST00000017188 1504 ntTSL 1 (best) BASIC42,96■■■■■ 4,47
Trim41Q5NCC3 Gm9887-201ENSMUST00000053451 624 ntAPPRIS P1 BASIC42,94■■■■■ 4,46
Trim41Q5NCC3 Ankrd60-202ENSMUST00000119453 1084 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC42,92■■■■■ 4,46
Trim41Q5NCC3 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC42,89■■■■■ 4,46
Trim41Q5NCC3 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC42,89■■■■■ 4,46
Trim41Q5NCC3 Gna13-202ENSMUST00000106702 914 ntTSL 1 (best) BASIC42,87■■■■■ 4,45
Trim41Q5NCC3 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42,86■■■■■ 4,45
Trim41Q5NCC3 Smad2-202ENSMUST00000091831 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC42,85■■■■■ 4,45
Trim41Q5NCC3 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC42,83■■■■■ 4,45
Trim41Q5NCC3 Mcat-201ENSMUST00000061882 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42,83■■■■■ 4,45
Trim41Q5NCC3 Ythdf1-202ENSMUST00000108876 2272 ntTSL 1 (best) BASIC42,82■■■■■ 4,45
Trim41Q5NCC3 Chtf8-205ENSMUST00000176515 694 ntTSL 2 BASIC42,82■■■■■ 4,45
Trim41Q5NCC3 Hoxd8-201ENSMUST00000019749 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42,81■■■■■ 4,44
Trim41Q5NCC3 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42,81■■■■■ 4,44
Trim41Q5NCC3 AC117232.3-201ENSMUST00000217817 338 ntTSL 2 BASIC42,81■■■■■ 4,44
Trim41Q5NCC3 Syndig1l-204ENSMUST00000222422 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42,8■■■■■ 4,44
Trim41Q5NCC3 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC42,79■■■■■ 4,44
Trim41Q5NCC3 Vegfa-211ENSMUST00000167860 975 ntTSL 1 (best) BASIC42,77■■■■■ 4,44
Trim41Q5NCC3 Vegfa-212ENSMUST00000214739 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42,77■■■■■ 4,44
Trim41Q5NCC3 Vegfa-213ENSMUST00000217017 1179 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC42,77■■■■■ 4,44
Trim41Q5NCC3 Yars2-201ENSMUST00000059955 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42,77■■■■■ 4,44
Trim41Q5NCC3 Dcaf15-202ENSMUST00000210279 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42,75■■■■■ 4,43
Trim41Q5NCC3 Pdss1-201ENSMUST00000053729 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42,75■■■■■ 4,43
Trim41Q5NCC3 Gm22567-201ENSMUST00000175542 342 ntBASIC42,74■■■■■ 4,43
Trim41Q5NCC3 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42,74■■■■■ 4,43
Trim41Q5NCC3 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC42,74■■■■■ 4,43
Trim41Q5NCC3 E130218I03Rik-204ENSMUST00000131447 888 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC42,73■■■■■ 4,43
Trim41Q5NCC3 Ebag9-203ENSMUST00000227691 1945 ntAPPRIS P1 BASIC42,71■■■■■ 4,43
Trim41Q5NCC3 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC42,71■■■■■ 4,43
Trim41Q5NCC3 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC42,71■■■■■ 4,43
Trim41Q5NCC3 Rundc3a-203ENSMUST00000107103 1822 ntTSL 5 BASIC42,7■■■■■ 4,43
Trim41Q5NCC3 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42,68■■■■■ 4,42
Trim41Q5NCC3 Gm44957-202ENSMUST00000205137 448 ntTSL 3 BASIC42,68■■■■■ 4,42
Trim41Q5NCC3 Noxo1-201ENSMUST00000019464 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42,67■■■■■ 4,42
Trim41Q5NCC3 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC42,67■■■■■ 4,42
Trim41Q5NCC3 A030005K14Rik-201ENSMUST00000193762 1093 ntAPPRIS P1 BASIC42,65■■■■■ 4,42
Trim41Q5NCC3 Srarp-201ENSMUST00000094544 905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42,65■■■■■ 4,42
Trim41Q5NCC3 Fam3c-201ENSMUST00000081288 1487 ntTSL 1 (best) BASIC42,65■■■■■ 4,42
Trim41Q5NCC3 Rbmxl2-201ENSMUST00000098135 1472 ntAPPRIS P1 BASIC42,65■■■■■ 4,42
Trim41Q5NCC3 Eif4e2-204ENSMUST00000113231 1119 ntTSL 1 (best) BASIC42,63■■■■■ 4,41
Trim41Q5NCC3 Ell2-205ENSMUST00000222194 434 ntTSL 3 BASIC42,62■■■■■ 4,41
Trim41Q5NCC3 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42,61■■■■■ 4,41
Trim41Q5NCC3 C530008M17Rik-201ENSMUST00000086909 1844 ntBASIC42,61■■■■■ 4,41
Trim41Q5NCC3 Mapkap1-201ENSMUST00000113123 1530 ntTSL 5 BASIC42,6■■■■■ 4,41
Trim41Q5NCC3 Gm20532-201ENSMUST00000174066 780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC42,59■■■■■ 4,41
Trim41Q5NCC3 Trappc6b-203ENSMUST00000217863 797 ntTSL 2 BASIC42,59■■■■■ 4,41
Trim41Q5NCC3 Sike1-202ENSMUST00000119450 774 ntTSL 3 BASIC42,56■■■■■ 4,4
Trim41Q5NCC3 Tsen34-211ENSMUST00000205287 1375 ntTSL 5 BASIC42,55■■■■■ 4,4
Trim41Q5NCC3 Gm19582-201ENSMUST00000187511 841 ntTSL 2 BASIC42,55■■■■■ 4,4
Trim41Q5NCC3 Krtap28-13-201ENSMUST00000188005 992 ntAPPRIS P1 BASIC42,55■■■■■ 4,4
Trim41Q5NCC3 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC42,55■■■■■ 4,4
Trim41Q5NCC3 Mxd4-202ENSMUST00000119171 1160 ntTSL 1 (best) BASIC42,54■■■■■ 4,4
Trim41Q5NCC3 Dctpp1-201ENSMUST00000035276 676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42,53■■■■■ 4,4
Trim41Q5NCC3 Gas7-203ENSMUST00000108681 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC42,52■■■■■ 4,4
Trim41Q5NCC3 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42,51■■■■■ 4,4
Trim41Q5NCC3 Cnot6l-203ENSMUST00000122003 2089 ntTSL 1 (best) BASIC42,5■■■■■ 4,39
Trim41Q5NCC3 Bri3-201ENSMUST00000056578 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42,49■■■■■ 4,39
Trim41Q5NCC3 Zxdc-201ENSMUST00000045740 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42,49■■■■■ 4,39
Trim41Q5NCC3 Fam241a-201ENSMUST00000057198 1607 ntTSL 1 (best) BASIC42,49■■■■■ 4,39
Trim41Q5NCC3 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC42,48■■■■■ 4,39
Trim41Q5NCC3 1810049J17Rik-201ENSMUST00000180521 462 ntAPPRIS P1 BASIC42,48■■■■■ 4,39
Trim41Q5NCC3 Pard6a-201ENSMUST00000093195 1265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42,48■■■■■ 4,39
Trim41Q5NCC3 Gm28529-202ENSMUST00000189675 670 ntTSL 2 BASIC42,47■■■■■ 4,39
Trim41Q5NCC3 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC42,46■■■■■ 4,39
Trim41Q5NCC3 Tlx2-202ENSMUST00000174674 1514 ntTSL 1 (best) BASIC42,46■■■■■ 4,39
Trim41Q5NCC3 Pm20d2-202ENSMUST00000119167 1339 ntTSL 1 (best) BASIC42,45■■■■■ 4,39
Trim41Q5NCC3 Mad2l2-202ENSMUST00000084129 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42,42■■■■■ 4,38
Trim41Q5NCC3 C2cd4b-201ENSMUST00000171652 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42,42■■■■■ 4,38
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 36,6 ms