Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Ccdc50-202ENSMUST00000096127 1096 ntTSL 1 (best) BASIC28,32■■■□□ 2,12
Traf1P39428 Dazap1-203ENSMUST00000105362 2081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28,31■■■□□ 2,12
Traf1P39428 Kras-207ENSMUST00000203147 817 ntTSL 5 BASIC28,31■■■□□ 2,12
Traf1P39428 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28,31■■■□□ 2,12
Traf1P39428 Gna13-202ENSMUST00000106702 914 ntTSL 1 (best) BASIC28,28■■■□□ 2,12
Traf1P39428 Gm9887-201ENSMUST00000053451 624 ntAPPRIS P1 BASIC28,28■■■□□ 2,12
Traf1P39428 Zfp131-206ENSMUST00000223813 2561 ntAPPRIS P3 BASIC28,27■■■□□ 2,12
Traf1P39428 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28,27■■■□□ 2,12
Traf1P39428 Gm2018-201ENSMUST00000140754 478 ntTSL 2 BASIC28,27■■■□□ 2,12
Traf1P39428 Anapc11-202ENSMUST00000093140 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,27■■■□□ 2,12
Traf1P39428 Guk1-204ENSMUST00000170202 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,26■■■□□ 2,11
Traf1P39428 Stradb-202ENSMUST00000114296 1348 ntTSL 1 (best) BASIC28,24■■■□□ 2,11
Traf1P39428 Glrx2-205ENSMUST00000145571 758 ntTSL 2 BASIC28,24■■■□□ 2,11
Traf1P39428 Syndig1l-204ENSMUST00000222422 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,24■■■□□ 2,11
Traf1P39428 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28,24■■■□□ 2,11
Traf1P39428 Gm11529-201ENSMUST00000153012 639 ntTSL 1 (best) BASIC28,23■■■□□ 2,11
Traf1P39428 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,23■■■□□ 2,11
Traf1P39428 Gm6206-201ENSMUST00000133472 2199 ntBASIC28,23■■■□□ 2,11
Traf1P39428 Ebag9-203ENSMUST00000227691 1945 ntAPPRIS P1 BASIC28,22■■■□□ 2,11
Traf1P39428 Galnt12-201ENSMUST00000045041 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,22■■■□□ 2,11
Traf1P39428 Pdss1-201ENSMUST00000053729 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,21■■■□□ 2,11
Traf1P39428 Dtnbp1-202ENSMUST00000110128 1305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28,21■■■□□ 2,11
Traf1P39428 Serpinb6a-201ENSMUST00000017188 1504 ntTSL 1 (best) BASIC28,21■■■□□ 2,11
Traf1P39428 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,2■■■□□ 2,11
Traf1P39428 Phlda3-201ENSMUST00000038945 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,2■■■□□ 2,11
Traf1P39428 Gm5987-201ENSMUST00000196433 1151 ntBASIC28,2■■■□□ 2,1
Traf1P39428 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC28,2■■■□□ 2,1
Traf1P39428 Mcat-201ENSMUST00000061882 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,19■■■□□ 2,1
Traf1P39428 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,17■■■□□ 2,1
Traf1P39428 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC28,17■■■□□ 2,1
Traf1P39428 Terf2-203ENSMUST00000116425 2471 ntTSL 1 (best) BASIC28,16■■■□□ 2,1
Traf1P39428 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC28,16■■■□□ 2,1
Traf1P39428 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC28,15■■■□□ 2,1
Traf1P39428 Dcaf15-202ENSMUST00000210279 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,15■■■□□ 2,1
Traf1P39428 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC28,15■■■□□ 2,1
Traf1P39428 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC28,14■■■□□ 2,1
Traf1P39428 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC28,14■■■□□ 2,1
Traf1P39428 Yars2-201ENSMUST00000059955 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,14■■■□□ 2,1
Traf1P39428 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,14■■■□□ 2,09
Traf1P39428 Fam3c-201ENSMUST00000081288 1487 ntTSL 1 (best) BASIC28,13■■■□□ 2,09
Traf1P39428 Gm17110-201ENSMUST00000171248 735 ntTSL 3 BASIC28,12■■■□□ 2,09
Traf1P39428 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28,11■■■□□ 2,09
Traf1P39428 Gfra4-203ENSMUST00000110234 600 ntTSL 1 (best) BASIC28,09■■■□□ 2,09
Traf1P39428 Gfra4-204ENSMUST00000110235 573 ntTSL 1 (best) BASIC28,09■■■□□ 2,09
Traf1P39428 Ankrd60-202ENSMUST00000119453 1084 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28,09■■■□□ 2,09
Traf1P39428 1700084E18Rik-202ENSMUST00000205624 729 ntBASIC28,09■■■□□ 2,09
Traf1P39428 AC117232.3-201ENSMUST00000217817 338 ntTSL 2 BASIC28,09■■■□□ 2,09
Traf1P39428 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC28,09■■■□□ 2,09
Traf1P39428 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC28,06■■■□□ 2,08
Traf1P39428 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28,06■■■□□ 2,08
Traf1P39428 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC28,05■■■□□ 2,08
Traf1P39428 Fam241a-201ENSMUST00000057198 1607 ntTSL 1 (best) BASIC28,04■■■□□ 2,08
Traf1P39428 Rbmxl2-201ENSMUST00000098135 1472 ntAPPRIS P1 BASIC28,04■■■□□ 2,08
Traf1P39428 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28,04■■■□□ 2,08
Traf1P39428 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC28,04■■■□□ 2,08
Traf1P39428 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,04■■■□□ 2,08
Traf1P39428 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC28,04■■■□□ 2,08
Traf1P39428 Hspb1-202ENSMUST00000111155 930 ntTSL 1 (best) BASIC28,03■■■□□ 2,08
Traf1P39428 Plin1-206ENSMUST00000205915 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,01■■■□□ 2,08
Traf1P39428 Micu3-201ENSMUST00000068999 2219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28,01■■■□□ 2,07
Traf1P39428 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2,07
Traf1P39428 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2,07
Traf1P39428 Hsd17b11-201ENSMUST00000031251 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2,07
Traf1P39428 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2,07
Traf1P39428 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27,99■■■□□ 2,07
Traf1P39428 Gas7-203ENSMUST00000108681 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27,99■■■□□ 2,07
Traf1P39428 Rundc3a-203ENSMUST00000107103 1822 ntTSL 5 BASIC27,98■■■□□ 2,07
Traf1P39428 Gm19582-201ENSMUST00000187511 841 ntTSL 2 BASIC27,97■■■□□ 2,07
Traf1P39428 Ctbp1-201ENSMUST00000079746 2279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27,94■■■□□ 2,06
Traf1P39428 1810049J17Rik-201ENSMUST00000180521 462 ntAPPRIS P1 BASIC27,93■■■□□ 2,06
Traf1P39428 A730013G03Rik-202ENSMUST00000195012 2097 ntBASIC27,93■■■□□ 2,06
Traf1P39428 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,92■■■□□ 2,06
Traf1P39428 Tspan33-201ENSMUST00000046750 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27,92■■■□□ 2,06
Traf1P39428 Mxd4-202ENSMUST00000119171 1160 ntTSL 1 (best) BASIC27,92■■■□□ 2,06
Traf1P39428 Cldnd1-201ENSMUST00000023426 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,91■■■□□ 2,06
Traf1P39428 Tsen34-211ENSMUST00000205287 1375 ntTSL 5 BASIC27,91■■■□□ 2,06
Traf1P39428 Kcmf1-204ENSMUST00000204598 1743 ntTSL 1 (best) BASIC27,91■■■□□ 2,06
Traf1P39428 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,91■■■□□ 2,06
Traf1P39428 Gm43445-201ENSMUST00000198564 2091 ntBASIC27,91■■■□□ 2,06
Traf1P39428 Aspscr1-202ENSMUST00000103016 1689 ntTSL 5 BASIC27,91■■■□□ 2,06
Traf1P39428 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,89■■■□□ 2,06
Traf1P39428 Ell2-205ENSMUST00000222194 434 ntTSL 3 BASIC27,89■■■□□ 2,06
Traf1P39428 Pm20d2-202ENSMUST00000119167 1339 ntTSL 1 (best) BASIC27,89■■■□□ 2,05
Traf1P39428 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27,88■■■□□ 2,05
Traf1P39428 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,88■■■□□ 2,05
Traf1P39428 Tor1a-201ENSMUST00000028200 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,88■■■□□ 2,05
Traf1P39428 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27,88■■■□□ 2,05
Traf1P39428 Fam120aos-201ENSMUST00000180775 1780 ntTSL 1 (best) BASIC27,87■■■□□ 2,05
Traf1P39428 Snrpe-202ENSMUST00000164574 597 ntTSL 3 BASIC27,87■■■□□ 2,05
Traf1P39428 E2f5-202ENSMUST00000165922 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27,86■■■□□ 2,05
Traf1P39428 Zxdc-201ENSMUST00000045740 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,86■■■□□ 2,05
Traf1P39428 Aspscr1-201ENSMUST00000026135 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,86■■■□□ 2,05
Traf1P39428 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC27,86■■■□□ 2,05
Traf1P39428 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC27,86■■■□□ 2,05
Traf1P39428 Itpka-201ENSMUST00000028758 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,85■■■□□ 2,05
Traf1P39428 1700003F12Rik-202ENSMUST00000109709 704 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27,85■■■□□ 2,05
Traf1P39428 B230208H11Rik-201ENSMUST00000180529 1112 ntTSL 1 (best) BASIC27,85■■■□□ 2,05
Traf1P39428 1700003F12Rik-201ENSMUST00000045116 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27,85■■■□□ 2,05
Traf1P39428 Tmem189-201ENSMUST00000006587 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,84■■■□□ 2,05
Traf1P39428 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,84■■■□□ 2,05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 12 ms