Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Rbms1-202ENSMUST00000112509 1806 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Usp4P35123 Mpp6-209ENSMUST00000204545 2418 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
Usp4P35123 Nans-201ENSMUST00000030018 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
Usp4P35123 Odc1-201ENSMUST00000171737 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
Usp4P35123 Gas2l1-201ENSMUST00000037146 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
Usp4P35123 E2f5-201ENSMUST00000029069 1779 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
Usp4P35123 Rtn4r-201ENSMUST00000059589 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Usp4P35123 Kansl2-202ENSMUST00000116400 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Usp4P35123 Tmem260-208ENSMUST00000226400 2281 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
Usp4P35123 Ei24-202ENSMUST00000163192 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Usp4P35123 CT030161.2-201ENSMUST00000218666 735 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
Usp4P35123 Cpe-201ENSMUST00000048967 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Usp4P35123 Efna3-201ENSMUST00000029673 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Usp4P35123 Rheb-201ENSMUST00000030787 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Usp4P35123 Smad2-202ENSMUST00000091831 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
Usp4P35123 Prr3-201ENSMUST00000055454 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Usp4P35123 Sox3-201ENSMUST00000135107 2065 ntAPPRIS P1 BASIC25.34■■□□□ 1.65
Usp4P35123 Kcnmb4os2-201ENSMUST00000080943 1571 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
Usp4P35123 St7-208ENSMUST00000115419 2194 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Usp4P35123 Ccdc122-202ENSMUST00000095625 1195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Usp4P35123 Rnf115-201ENSMUST00000029740 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Usp4P35123 Gm5814-201ENSMUST00000177586 378 ntAPPRIS P1 BASIC25.31■■□□□ 1.64
Usp4P35123 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
Usp4P35123 Bok-201ENSMUST00000027499 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Usp4P35123 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
Usp4P35123 Arx-202ENSMUST00000113947 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Usp4P35123 Bok-205ENSMUST00000201863 883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
Usp4P35123 Tnfsfm13-203ENSMUST00000180587 2235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
Usp4P35123 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC25.28■■□□□ 1.64
Usp4P35123 5031425E22Rik-201ENSMUST00000101522 2110 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
Usp4P35123 Fzd9-201ENSMUST00000062572 2293 ntAPPRIS P1 BASIC25.28■■□□□ 1.64
Usp4P35123 Paqr3-202ENSMUST00000112968 1875 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Usp4P35123 Eya2-202ENSMUST00000088132 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Usp4P35123 Lsm4-204ENSMUST00000210071 575 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
Usp4P35123 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Usp4P35123 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Usp4P35123 Lrfn1-203ENSMUST00000189877 1852 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
Usp4P35123 Bcl7b-201ENSMUST00000031692 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Usp4P35123 Frat2-201ENSMUST00000059231 2161 ntAPPRIS P1 BASIC25.2■■□□□ 1.62
Usp4P35123 Tmeff1-202ENSMUST00000123476 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Usp4P35123 1190005I06Rik-201ENSMUST00000123927 844 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Usp4P35123 Csnk1g2-201ENSMUST00000079773 2348 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Usp4P35123 Popdc3-201ENSMUST00000019994 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Usp4P35123 Ube2f-202ENSMUST00000171112 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Usp4P35123 Mat2b-201ENSMUST00000040167 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Usp4P35123 Gxylt1-202ENSMUST00000057896 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
Usp4P35123 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
Usp4P35123 Gm5601-202ENSMUST00000207161 1437 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Usp4P35123 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
Usp4P35123 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Usp4P35123 Pcgf5-210ENSMUST00000225411 1626 ntAPPRIS P5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
Usp4P35123 Preb-209ENSMUST00000202567 1869 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Usp4P35123 Tor1a-201ENSMUST00000028200 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Usp4P35123 Gm45855-201ENSMUST00000212546 880 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
Usp4P35123 AC150314.2-201ENSMUST00000214135 834 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
Usp4P35123 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
Usp4P35123 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Usp4P35123 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
Usp4P35123 Pitpna-205ENSMUST00000179445 1665 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
Usp4P35123 Six3-201ENSMUST00000162695 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
Usp4P35123 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Usp4P35123 Efcc1-202ENSMUST00000159570 2293 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
Usp4P35123 Msto1-202ENSMUST00000126245 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Usp4P35123 A530058N18Rik-207ENSMUST00000152254 1211 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Usp4P35123 Ssbp4-205ENSMUST00000210369 1828 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
Usp4P35123 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
Usp4P35123 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Usp4P35123 Hnrnpl-201ENSMUST00000038572 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Usp4P35123 Mypop-201ENSMUST00000059331 2173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
Usp4P35123 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
Usp4P35123 Lmo2-202ENSMUST00000111140 1706 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Usp4P35123 Trp53rkb-202ENSMUST00000065753 1375 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Usp4P35123 Cnnm3-202ENSMUST00000097776 5292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Usp4P35123 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Usp4P35123 Dtnbp1-201ENSMUST00000072329 1362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Usp4P35123 Tspan33-201ENSMUST00000046750 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Usp4P35123 Fam120aos-201ENSMUST00000180775 1780 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Usp4P35123 Mcat-201ENSMUST00000061882 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Usp4P35123 Slc22a17-201ENSMUST00000050772 2290 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Usp4P35123 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
Usp4P35123 Pcf11-205ENSMUST00000208255 1720 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
Usp4P35123 Nisch-222ENSMUST00000172142 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Usp4P35123 1110008F13Rik-201ENSMUST00000029165 1045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Usp4P35123 Cd320-201ENSMUST00000002379 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Usp4P35123 Fam220a-205ENSMUST00000169329 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Usp4P35123 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Usp4P35123 Pura-201ENSMUST00000051301 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Usp4P35123 Cdkn2c-202ENSMUST00000097921 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Usp4P35123 Thra-202ENSMUST00000103139 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Usp4P35123 St3gal2-202ENSMUST00000117534 2177 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Usp4P35123 Fam174a-201ENSMUST00000059975 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Usp4P35123 Mapk1-203ENSMUST00000115731 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Usp4P35123 Pcsk1n-201ENSMUST00000041096 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Usp4P35123 Agap3-201ENSMUST00000024123 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
Usp4P35123 Jmy-202ENSMUST00000220513 1843 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Usp4P35123 Ildr2-206ENSMUST00000194964 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
Usp4P35123 Ablim1-208ENSMUST00000111544 2231 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
Usp4P35123 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Usp4P35123 Tcte2-204ENSMUST00000130033 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Usp4P35123 Srcap-211ENSMUST00000189136 1960 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 34.5 ms