Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC37,25■■■■□ 3,55
Usp4P35123 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36,19■■■■□ 3,38
Usp4P35123 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34,9■■■■□ 3,18
Usp4P35123 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,82■■■■□ 3,17
Usp4P35123 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC34,52■■■■□ 3,12
Usp4P35123 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,1■■■■□ 3,05
Usp4P35123 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC33,98■■■■□ 3,03
Usp4P35123 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,61■■■□□ 2,97
Usp4P35123 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,15■■■□□ 2,9
Usp4P35123 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,06■■■□□ 2,88
Usp4P35123 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32,85■■■□□ 2,85
Usp4P35123 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,44■■■□□ 2,78
Usp4P35123 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC32,44■■■□□ 2,78
Usp4P35123 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,39■■■□□ 2,78
Usp4P35123 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,39■■■□□ 2,78
Usp4P35123 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC32,35■■■□□ 2,77
Usp4P35123 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,34■■■□□ 2,77
Usp4P35123 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC31,94■■■□□ 2,7
Usp4P35123 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,93■■■□□ 2,7
Usp4P35123 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31,91■■■□□ 2,7
Usp4P35123 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,74■■■□□ 2,67
Usp4P35123 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31,61■■■□□ 2,65
Usp4P35123 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC31,6■■■□□ 2,65
Usp4P35123 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,59■■■□□ 2,65
Usp4P35123 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC31,53■■■□□ 2,64
Usp4P35123 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC31,47■■■□□ 2,63
Usp4P35123 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31,47■■■□□ 2,63
Usp4P35123 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31,46■■■□□ 2,63
Usp4P35123 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC31,37■■■□□ 2,61
Usp4P35123 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,18■■■□□ 2,58
Usp4P35123 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC31,17■■■□□ 2,58
Usp4P35123 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,16■■■□□ 2,58
Usp4P35123 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31,03■■■□□ 2,56
Usp4P35123 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,97■■■□□ 2,55
Usp4P35123 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC30,95■■■□□ 2,54
Usp4P35123 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC30,93■■■□□ 2,54
Usp4P35123 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,84■■■□□ 2,53
Usp4P35123 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC30,82■■■□□ 2,52
Usp4P35123 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30,82■■■□□ 2,52
Usp4P35123 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30,78■■■□□ 2,52
Usp4P35123 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30,74■■■□□ 2,51
Usp4P35123 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC30,58■■■□□ 2,49
Usp4P35123 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,56■■■□□ 2,48
Usp4P35123 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,52■■■□□ 2,48
Usp4P35123 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,51■■■□□ 2,48
Usp4P35123 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,51■■■□□ 2,47
Usp4P35123 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC30,51■■■□□ 2,47
Usp4P35123 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC30,42■■■□□ 2,46
Usp4P35123 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,36■■■□□ 2,45
Usp4P35123 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30,29■■■□□ 2,44
Usp4P35123 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC30,28■■■□□ 2,44
Usp4P35123 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,25■■■□□ 2,43
Usp4P35123 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC30,22■■■□□ 2,43
Usp4P35123 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,21■■■□□ 2,43
Usp4P35123 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC30,2■■■□□ 2,43
Usp4P35123 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC30,19■■■□□ 2,42
Usp4P35123 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30,06■■■□□ 2,4
Usp4P35123 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,02■■■□□ 2,4
Usp4P35123 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC30,01■■■□□ 2,39
Usp4P35123 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC30■■■□□ 2,39
Usp4P35123 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29,99■■■□□ 2,39
Usp4P35123 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC29,94■■■□□ 2,38
Usp4P35123 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,94■■■□□ 2,38
Usp4P35123 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29,86■■■□□ 2,37
Usp4P35123 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,84■■■□□ 2,37
Usp4P35123 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,79■■■□□ 2,36
Usp4P35123 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29,72■■■□□ 2,35
Usp4P35123 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,72■■■□□ 2,35
Usp4P35123 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29,65■■■□□ 2,34
Usp4P35123 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,62■■■□□ 2,33
Usp4P35123 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,61■■■□□ 2,33
Usp4P35123 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC29,59■■■□□ 2,33
Usp4P35123 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC29,56■■■□□ 2,32
Usp4P35123 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,56■■■□□ 2,32
Usp4P35123 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,55■■■□□ 2,32
Usp4P35123 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,55■■■□□ 2,32
Usp4P35123 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29,54■■■□□ 2,32
Usp4P35123 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,52■■■□□ 2,32
Usp4P35123 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,48■■■□□ 2,31
Usp4P35123 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC29,41■■■□□ 2,3
Usp4P35123 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,4■■■□□ 2,3
Usp4P35123 Fam241a-202ENSMUST00000199273 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,3■■■□□ 2,28
Usp4P35123 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29,29■■■□□ 2,28
Usp4P35123 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29,28■■■□□ 2,28
Usp4P35123 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,19■■■□□ 2,26
Usp4P35123 Wsb2-201ENSMUST00000031309 2421 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29,17■■■□□ 2,26
Usp4P35123 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29,17■■■□□ 2,26
Usp4P35123 Ldb1-207ENSMUST00000156585 2014 ntTSL 1 (best) BASIC29,16■■■□□ 2,26
Usp4P35123 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29,13■■■□□ 2,25
Usp4P35123 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,06■■■□□ 2,24
Usp4P35123 Fndc10-201ENSMUST00000099265 2140 ntAPPRIS P1 BASIC29,03■■■□□ 2,24
Usp4P35123 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC29,02■■■□□ 2,24
Usp4P35123 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC28,98■■■□□ 2,23
Usp4P35123 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28,95■■■□□ 2,22
Usp4P35123 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28,89■■■□□ 2,22
Usp4P35123 Cadm4-201ENSMUST00000068023 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,88■■■□□ 2,21
Usp4P35123 Gm26859-201ENSMUST00000181743 1852 ntTSL 5 BASIC28,86■■■□□ 2,21
Usp4P35123 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,84■■■□□ 2,21
Usp4P35123 Rpia-201ENSMUST00000066134 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,8■■■□□ 2,2
Usp4P35123 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC28,78■■■□□ 2,2
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11,5 ms