Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC9Q9Y3X0 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.2 ms