Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC24.08■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMCH1Q9UPQ0 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms