Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC21.89■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC21.89■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC21.89■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
CHD9Q3L8U1 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
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