Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC31.05■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.05■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC31.05■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC31.04■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC31.04■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC31.04■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC31.04■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC31.04■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC31.04■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.03■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC31.03■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC31.03■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC31.03■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC31.03■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC31.03■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.03■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.02■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC31.02■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC31.02■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.02■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC31.02■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC31.02■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC31.01■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC31.01■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.01■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC31.01■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.01■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC31.01■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC31.01■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC31.01■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC31.01■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC31.01■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC31■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC31■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC31■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC31■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC31■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC30.99■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC30.99■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC30.99■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC30.99■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC30.99■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.98■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC30.98■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC30.98■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC30.98■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC30.97■■■□□ 2.55
TCOF1Q13428 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC30.97■■■□□ 2.55
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