Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN4AP35499 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.2 ms