Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC27.35■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC27.34■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
HOXC9P31274 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC27.31■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC27.3■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC27.3■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC27.28■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.9 ms