Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC31.13■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC31.13■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31.12■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC31.12■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC31.12■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC31.12■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC31.12■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC31.12■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.12■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC31.12■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC31.11■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC31.11■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC31.11■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC31.11■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC31.11■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.1■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC31.1■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC31.1■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC31.1■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC31.1■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC31.1■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC31.09■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC31.09■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC31.09■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC31.09■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC31.08■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC31.08■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC31.08■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC31.08■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC31.08■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC31.07■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC31.07■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC31.07■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC31.07■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC31.07■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC31.06■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.06■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC31.06■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.06■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC31.06■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC31.06■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC31.05■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC31.05■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC31.05■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.05■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.05■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.05■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC31.05■■■□□ 2.56
TCOF1Q13428 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC31.05■■■□□ 2.56
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