Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CHD3Q12873 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
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