Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.9 ms