Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC21.02■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.5 ms