Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMD1Q9UGP4 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.1 ms