Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms