Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC24.02■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
NUP88Q99567 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.1 ms