Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL4A4P53420 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16 ms