Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC36.04■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.04■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.04■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC36.04■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC36.04■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC36.03■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.03■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.03■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC36.03■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC36.03■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC36.03■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC36.03■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC36.03■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC36.03■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC36.03■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.03■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.02■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC36.02■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC36.02■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC36.02■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.01■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.01■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC36.01■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC36.01■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.01■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.01■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC36.01■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC36.01■■■■□ 3.36
CCDC88BA6NC98 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC36.01■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC36.01■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.01■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC36.01■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC36■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC36■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC36■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC36■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC36■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC36■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC35.99■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.99■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC35.99■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC35.99■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC35.99■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC35.99■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.99■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC35.99■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC35.98■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC35.98■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC35.98■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC35.97■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.97■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.97■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC35.97■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC35.97■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC35.97■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.97■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.97■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.96■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.96■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.96■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC35.96■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC35.96■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC35.95■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.95■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.95■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC35.95■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.95■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC35.95■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC35.95■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC35.95■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC35.95■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC35.95■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.95■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.95■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.95■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC35.95■■■■□ 3.35
CCDC88BA6NC98 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.95■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.94■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC35.94■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC35.94■■■■□ 3.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.7 ms