Protein–RNA interactions for Protein: Q10570

CPSF1, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,443 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF1Q10570 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CPSF1Q10570 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CPSF1Q10570 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.3 ms