Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC27.45■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL3A1P02461 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms