Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.64■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC9Q9Y3X0 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.5 ms