Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC18.67■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
HOXD4P09016 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.7 ms