Protein–RNA interactions for Protein: O15551

CLDN3, Claudin-3, humanhuman

Predictions only

Length 220 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN3O15551 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CLDN3O15551 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
CLDN3O15551 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CLDN3O15551 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CLDN3O15551 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
CLDN3O15551 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CLDN3O15551 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CLDN3O15551 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CLDN3O15551 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
CLDN3O15551 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
CLDN3O15551 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
CLDN3O15551 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CLDN3O15551 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CLDN3O15551 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CLDN3O15551 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CLDN3O15551 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
CLDN3O15551 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
CLDN3O15551 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
CLDN3O15551 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CLDN3O15551 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CLDN3O15551 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CLDN3O15551 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CLDN3O15551 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CLDN3O15551 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CLDN3O15551 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CLDN3O15551 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CLDN3O15551 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CLDN3O15551 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CLDN3O15551 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CLDN3O15551 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CLDN3O15551 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.9 ms