Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
CPSF3Q9UKF6 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC22.58■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms