Protein–RNA interactions for Protein: Q96MW1

CCDC43, Coiled-coil domain-containing protein 43, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 224 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC43Q96MW1 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC43Q96MW1 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms