Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC16.45■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 PLEKHG5-212ENST00000537245 4794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 AVPR1A-201ENST00000299178 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 WNK2-202ENST00000395477 6834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 ARHGAP26-201ENST00000274498 6862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 CHRNA4-201ENST00000370263 5577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 TMEM255B-202ENST00000375353 6100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 FRRS1L-201ENST00000561981 8197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms