Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
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