Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC3Q9BQI4 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.1 ms