Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC140Q96MF4 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.1 ms