Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.57■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC28.57■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC28.54■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
NPHP3Q7Z494 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms