Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHHQ15465 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHHQ15465 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHHQ15465 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHHQ15465 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHHQ15465 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHHQ15465 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHHQ15465 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHHQ15465 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHHQ15465 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHHQ15465 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHHQ15465 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHHQ15465 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHHQ15465 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHHQ15465 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHHQ15465 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHHQ15465 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHHQ15465 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHHQ15465 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHHQ15465 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHHQ15465 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHHQ15465 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHHQ15465 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHHQ15465 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHHQ15465 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHHQ15465 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHHQ15465 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHHQ15465 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHHQ15465 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHHQ15465 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHHQ15465 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHHQ15465 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHHQ15465 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHHQ15465 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHHQ15465 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHHQ15465 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHHQ15465 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHHQ15465 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHHQ15465 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHHQ15465 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHHQ15465 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHHQ15465 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHHQ15465 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHHQ15465 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHHQ15465 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHHQ15465 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHHQ15465 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHHQ15465 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHHQ15465 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHHQ15465 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHHQ15465 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHHQ15465 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHHQ15465 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHHQ15465 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHHQ15465 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHHQ15465 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHHQ15465 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHHQ15465 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHHQ15465 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
SHHQ15465 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHHQ15465 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHHQ15465 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHHQ15465 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHHQ15465 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SHHQ15465 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SHHQ15465 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SHHQ15465 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SHHQ15465 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SHHQ15465 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SHHQ15465 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SHHQ15465 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SHHQ15465 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SHHQ15465 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SHHQ15465 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
SHHQ15465 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SHHQ15465 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SHHQ15465 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SHHQ15465 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SHHQ15465 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SHHQ15465 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SHHQ15465 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SHHQ15465 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SHHQ15465 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SHHQ15465 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
SHHQ15465 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
SHHQ15465 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SHHQ15465 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SHHQ15465 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SHHQ15465 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SHHQ15465 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SHHQ15465 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SHHQ15465 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SHHQ15465 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SHHQ15465 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SHHQ15465 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
SHHQ15465 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SHHQ15465 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SHHQ15465 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SHHQ15465 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SHHQ15465 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
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