Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL4A4P53420 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL4A4P53420 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL4A4P53420 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL4A4P53420 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL4A4P53420 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 131.4 ms