Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.9 ms