Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25 ms