Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXC11O43248 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXC11O43248 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXC11O43248 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXC11O43248 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXC11O43248 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXC11O43248 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXC11O43248 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC21.32■■□□□ 1
HOXC11O43248 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC21.32■■□□□ 1
HOXC11O43248 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXC11O43248 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXC11O43248 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXC11O43248 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXC11O43248 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXC11O43248 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXC11O43248 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXC11O43248 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXC11O43248 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXC11O43248 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
HOXC11O43248 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXC11O43248 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
HOXC11O43248 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
HOXC11O43248 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC21.31■■□□□ 1
HOXC11O43248 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXC11O43248 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXC11O43248 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXC11O43248 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
HOXC11O43248 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
HOXC11O43248 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
HOXC11O43248 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXC11O43248 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
HOXC11O43248 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXC11O43248 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXC11O43248 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXC11O43248 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXC11O43248 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXC11O43248 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXC11O43248 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC21.3■■□□□ 1
HOXC11O43248 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
HOXC11O43248 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
HOXC11O43248 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
HOXC11O43248 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXC11O43248 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC21.3■■□□□ 1
HOXC11O43248 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
HOXC11O43248 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC21.29■■□□□ 1
HOXC11O43248 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC11O43248 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC11O43248 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC11O43248 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC11O43248 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC11O43248 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC11O43248 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC11O43248 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC11O43248 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC21.29■■□□□ 1
HOXC11O43248 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC21.29■■□□□ 1
HOXC11O43248 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC11O43248 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC11O43248 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC11O43248 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC11O43248 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC21.29■■□□□ 1
HOXC11O43248 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC11O43248 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC11O43248 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC11O43248 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC11O43248 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC11O43248 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC11O43248 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC11O43248 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC11O43248 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC11O43248 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC11O43248 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC11O43248 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC11O43248 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC11O43248 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC11O43248 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC11O43248 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC11O43248 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC11O43248 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC11O43248 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC21.28■■□□□ 1
HOXC11O43248 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC11O43248 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC11O43248 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC11O43248 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC11O43248 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC11O43248 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC11O43248 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC11O43248 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC11O43248 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC11O43248 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC11O43248 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC11O43248 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC11O43248 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC11O43248 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC11O43248 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC11O43248 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC11O43248 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC11O43248 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC11O43248 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC11O43248 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC11O43248 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.3 ms