Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXE4

SMPD4, Sphingomyelin phosphodiesterase 4, humanhuman

Predictions only

Length 827 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMPD4Q9NXE4 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SMPD4Q9NXE4 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SMPD4Q9NXE4 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SMPD4Q9NXE4 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SMPD4Q9NXE4 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
SMPD4Q9NXE4 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SMPD4Q9NXE4 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SMPD4Q9NXE4 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SMPD4Q9NXE4 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SMPD4Q9NXE4 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SMPD4Q9NXE4 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SMPD4Q9NXE4 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SMPD4Q9NXE4 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SMPD4Q9NXE4 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
SMPD4Q9NXE4 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SMPD4Q9NXE4 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SMPD4Q9NXE4 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
SMPD4Q9NXE4 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
SMPD4Q9NXE4 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
SMPD4Q9NXE4 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SMPD4Q9NXE4 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SMPD4Q9NXE4 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SMPD4Q9NXE4 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.3 ms