Protein–RNA interactions for Protein: Q92994

BRF1, Transcription factor IIIB 90 kDa subunit, humanhuman

Predictions only

Length 677 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRF1Q92994 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC24.58■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC24.56■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC24.55■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
BRF1Q92994 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.3 ms