Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SKA3Q8IX90 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
SKA3Q8IX90 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.6 ms