Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.8 ms