Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC25.87■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC25.86■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
BRCA1P38398 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC25.83■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC25.83■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
BRCA1P38398 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.9 ms