Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN4AP35499 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.2 ms