Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
LHX3Q9UBR4 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.6 ms