Protein–RNA interactions for Protein: O55017

Cacna1b, Voltage-dependent N-type calcium channel subunit alpha-1B, mousemouse

Predictions only

Length 2,327 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cacna1bO55017 Snrpe-202ENSMUST00000164574 597 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
Cacna1bO55017 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Cacna1bO55017 Dbp-204ENSMUST00000211513 1156 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
Cacna1bO55017 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Cacna1bO55017 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Cacna1bO55017 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC24.52■■□□□ 1.52
Cacna1bO55017 Ldb1-207ENSMUST00000156585 2014 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Cacna1bO55017 Fam136a-201ENSMUST00000071492 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Cacna1bO55017 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
Cacna1bO55017 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Cacna1bO55017 Rbfox2-201ENSMUST00000048145 1720 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Cacna1bO55017 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Cacna1bO55017 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Cacna1bO55017 Rpia-201ENSMUST00000066134 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Cacna1bO55017 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Cacna1bO55017 Ccm2-201ENSMUST00000000388 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Cacna1bO55017 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Cacna1bO55017 Paip1-203ENSMUST00000126957 1731 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
Cacna1bO55017 Asf1a-205ENSMUST00000219282 1150 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
Cacna1bO55017 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
Cacna1bO55017 Krtap28-13-201ENSMUST00000188005 992 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
Cacna1bO55017 Pcbd2-201ENSMUST00000021958 544 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Cacna1bO55017 Gm30346-201ENSMUST00000218641 1699 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
Cacna1bO55017 Gfra4-203ENSMUST00000110234 600 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Cacna1bO55017 Gfra4-204ENSMUST00000110235 573 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Cacna1bO55017 Osbpl1a-209ENSMUST00000122175 1203 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Cacna1bO55017 Rab43-202ENSMUST00000032135 1262 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Cacna1bO55017 Raly-203ENSMUST00000109701 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Cacna1bO55017 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Cacna1bO55017 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Cacna1bO55017 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC24.43■■□□□ 1.5
Cacna1bO55017 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Cacna1bO55017 Mir6538-201ENSMUST00000183713 110 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
Cacna1bO55017 Nkain2-201ENSMUST00000092602 558 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
Cacna1bO55017 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Cacna1bO55017 Rpl31-203ENSMUST00000179954 630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Cacna1bO55017 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Cacna1bO55017 Gm11175-201ENSMUST00000116172 543 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
Cacna1bO55017 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
Cacna1bO55017 E130304I02Rik-202ENSMUST00000187873 696 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Cacna1bO55017 Cadm1-210ENSMUST00000214542 899 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Cacna1bO55017 1110008P14Rik-201ENSMUST00000048792 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Cacna1bO55017 Ankrd60-202ENSMUST00000119453 1084 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Cacna1bO55017 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Cacna1bO55017 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Cacna1bO55017 Ppp2r2d-201ENSMUST00000041097 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Cacna1bO55017 Mtm1-204ENSMUST00000101501 770 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Cacna1bO55017 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Cacna1bO55017 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Cacna1bO55017 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Cacna1bO55017 Pitpna-205ENSMUST00000179445 1665 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Cacna1bO55017 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Cacna1bO55017 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Cacna1bO55017 Sntb1-202ENSMUST00000110200 1225 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Cacna1bO55017 Mon2-207ENSMUST00000219203 1844 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Cacna1bO55017 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Cacna1bO55017 Pard6a-201ENSMUST00000093195 1265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Cacna1bO55017 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Cacna1bO55017 Ildr2-207ENSMUST00000195557 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Cacna1bO55017 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Cacna1bO55017 Serpinb6a-201ENSMUST00000017188 1504 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Cacna1bO55017 Snx3-201ENSMUST00000019939 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Cacna1bO55017 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Cacna1bO55017 AC117232.3-201ENSMUST00000217817 338 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Cacna1bO55017 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Cacna1bO55017 Ccdc50-202ENSMUST00000096127 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Cacna1bO55017 Tlx3-201ENSMUST00000037746 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Cacna1bO55017 Cap2-205ENSMUST00000225824 1634 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
Cacna1bO55017 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Cacna1bO55017 Vegfb-202ENSMUST00000130048 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Cacna1bO55017 Rbmxl2-201ENSMUST00000098135 1472 ntAPPRIS P1 BASIC24.2■■□□□ 1.47
Cacna1bO55017 C2cd4b-201ENSMUST00000171652 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Cacna1bO55017 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Cacna1bO55017 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Cacna1bO55017 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Cacna1bO55017 Suds3-202ENSMUST00000166397 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Cacna1bO55017 Kcnip2-208ENSMUST00000161886 693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Cacna1bO55017 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Cacna1bO55017 E130218I03Rik-204ENSMUST00000131447 888 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Cacna1bO55017 Gpr137c-205ENSMUST00000227009 771 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Cacna1bO55017 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Cacna1bO55017 A830010M20Rik-202ENSMUST00000094541 1134 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Cacna1bO55017 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Cacna1bO55017 C130046K22Rik-201ENSMUST00000129780 727 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
Cacna1bO55017 Msi2-202ENSMUST00000107908 695 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
Cacna1bO55017 Tceal3-201ENSMUST00000060904 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Cacna1bO55017 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
Cacna1bO55017 Orai1-202ENSMUST00000121652 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Cacna1bO55017 Smagp-202ENSMUST00000172334 952 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
Cacna1bO55017 Chtf8-205ENSMUST00000176515 694 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
Cacna1bO55017 Fam89b-202ENSMUST00000116558 1189 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Cacna1bO55017 Tspan3-201ENSMUST00000034876 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Cacna1bO55017 Igfbp7-201ENSMUST00000046746 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Cacna1bO55017 Gm27021-201ENSMUST00000181333 758 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.09■■□□□ 1.45
Cacna1bO55017 AC167019.3-201ENSMUST00000228225 1266 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
Cacna1bO55017 Rab4b-201ENSMUST00000093040 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Cacna1bO55017 Gm9887-201ENSMUST00000053451 624 ntAPPRIS P1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
Cacna1bO55017 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
Cacna1bO55017 Mapkap1-201ENSMUST00000113123 1530 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
Cacna1bO55017 Rheb-201ENSMUST00000030787 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.2 ms