Protein–RNA interactions for Protein: O55017

Cacna1b, Voltage-dependent N-type calcium channel subunit alpha-1B, mousemouse

Predictions only

Length 2,327 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cacna1bO55017 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC38,91■■■■□ 3,82
Cacna1bO55017 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC36■■■■□ 3,35
Cacna1bO55017 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,6■■■■□ 3,29
Cacna1bO55017 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC33,93■■■■□ 3,02
Cacna1bO55017 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC33,38■■■□□ 2,93
Cacna1bO55017 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32,86■■■□□ 2,85
Cacna1bO55017 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC32,66■■■□□ 2,82
Cacna1bO55017 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC32,64■■■□□ 2,82
Cacna1bO55017 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,51■■■□□ 2,79
Cacna1bO55017 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,47■■■□□ 2,79
Cacna1bO55017 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC32,26■■■□□ 2,76
Cacna1bO55017 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC31,74■■■□□ 2,67
Cacna1bO55017 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC31,53■■■□□ 2,64
Cacna1bO55017 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,49■■■□□ 2,63
Cacna1bO55017 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31,47■■■□□ 2,63
Cacna1bO55017 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,31■■■□□ 2,6
Cacna1bO55017 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,2■■■□□ 2,58
Cacna1bO55017 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,04■■■□□ 2,56
Cacna1bO55017 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,01■■■□□ 2,55
Cacna1bO55017 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC30,93■■■□□ 2,54
Cacna1bO55017 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC30,9■■■□□ 2,54
Cacna1bO55017 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC30,8■■■□□ 2,52
Cacna1bO55017 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,75■■■□□ 2,51
Cacna1bO55017 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,68■■■□□ 2,5
Cacna1bO55017 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30,17■■■□□ 2,42
Cacna1bO55017 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30,16■■■□□ 2,42
Cacna1bO55017 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,14■■■□□ 2,42
Cacna1bO55017 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC30,08■■■□□ 2,41
Cacna1bO55017 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC30,04■■■□□ 2,4
Cacna1bO55017 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,98■■■□□ 2,39
Cacna1bO55017 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29,92■■■□□ 2,38
Cacna1bO55017 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29,9■■■□□ 2,38
Cacna1bO55017 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC29,9■■■□□ 2,38
Cacna1bO55017 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,84■■■□□ 2,37
Cacna1bO55017 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29,81■■■□□ 2,36
Cacna1bO55017 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC29,68■■■□□ 2,34
Cacna1bO55017 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC29,68■■■□□ 2,34
Cacna1bO55017 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC29,6■■■□□ 2,33
Cacna1bO55017 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29,59■■■□□ 2,33
Cacna1bO55017 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,5■■■□□ 2,31
Cacna1bO55017 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC29,45■■■□□ 2,3
Cacna1bO55017 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC29,39■■■□□ 2,3
Cacna1bO55017 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29,38■■■□□ 2,29
Cacna1bO55017 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC29,37■■■□□ 2,29
Cacna1bO55017 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,21■■■□□ 2,27
Cacna1bO55017 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29,21■■■□□ 2,27
Cacna1bO55017 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC29,19■■■□□ 2,26
Cacna1bO55017 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC29,17■■■□□ 2,26
Cacna1bO55017 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29,15■■■□□ 2,26
Cacna1bO55017 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,11■■■□□ 2,25
Cacna1bO55017 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC29,1■■■□□ 2,25
Cacna1bO55017 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29,05■■■□□ 2,24
Cacna1bO55017 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC29,05■■■□□ 2,24
Cacna1bO55017 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC29,04■■■□□ 2,24
Cacna1bO55017 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,97■■■□□ 2,23
Cacna1bO55017 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,95■■■□□ 2,23
Cacna1bO55017 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC28,93■■■□□ 2,22
Cacna1bO55017 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC28,88■■■□□ 2,21
Cacna1bO55017 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC28,85■■■□□ 2,21
Cacna1bO55017 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC28,74■■■□□ 2,19
Cacna1bO55017 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,72■■■□□ 2,19
Cacna1bO55017 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC28,68■■■□□ 2,18
Cacna1bO55017 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC28,63■■■□□ 2,17
Cacna1bO55017 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC28,63■■■□□ 2,17
Cacna1bO55017 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC28,52■■■□□ 2,16
Cacna1bO55017 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,47■■■□□ 2,15
Cacna1bO55017 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC28,43■■■□□ 2,14
Cacna1bO55017 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC28,41■■■□□ 2,14
Cacna1bO55017 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC28,33■■■□□ 2,13
Cacna1bO55017 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28,31■■■□□ 2,12
Cacna1bO55017 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28,22■■■□□ 2,11
Cacna1bO55017 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,22■■■□□ 2,11
Cacna1bO55017 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC28,22■■■□□ 2,11
Cacna1bO55017 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC28,2■■■□□ 2,11
Cacna1bO55017 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28,16■■■□□ 2,1
Cacna1bO55017 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28,15■■■□□ 2,1
Cacna1bO55017 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,15■■■□□ 2,1
Cacna1bO55017 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC28,14■■■□□ 2,1
Cacna1bO55017 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28,12■■■□□ 2,09
Cacna1bO55017 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,12■■■□□ 2,09
Cacna1bO55017 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,1■■■□□ 2,09
Cacna1bO55017 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC28,09■■■□□ 2,09
Cacna1bO55017 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28,05■■■□□ 2,08
Cacna1bO55017 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC27,95■■■□□ 2,06
Cacna1bO55017 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27,9■■■□□ 2,06
Cacna1bO55017 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,9■■■□□ 2,06
Cacna1bO55017 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27,82■■■□□ 2,04
Cacna1bO55017 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC27,8■■■□□ 2,04
Cacna1bO55017 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC27,8■■■□□ 2,04
Cacna1bO55017 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC27,79■■■□□ 2,04
Cacna1bO55017 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27,79■■■□□ 2,04
Cacna1bO55017 Bzw1-202ENSMUST00000186949 1492 ntTSL 5 BASIC27,78■■■□□ 2,04
Cacna1bO55017 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,75■■■□□ 2,03
Cacna1bO55017 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27,75■■■□□ 2,03
Cacna1bO55017 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,74■■■□□ 2,03
Cacna1bO55017 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC27,73■■■□□ 2,03
Cacna1bO55017 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC27,72■■■□□ 2,03
Cacna1bO55017 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,7■■■□□ 2,03
Cacna1bO55017 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27,67■■■□□ 2,02
Cacna1bO55017 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,66■■■□□ 2,02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11,5 ms