Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP3Q9Y6I4 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.9 ms