Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 AP001626.1-201ENST00000424890 2854 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC25.39■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
BRPF3Q9ULD4 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRPF3Q9ULD4 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms