Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS28Q9UK41 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.6 ms