Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC21.29■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC21.28■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC21.28■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC21.28■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC21.27■■□□□ 1
LHX3Q9UBR4 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX3Q9UBR4 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms